извършена услуга от доставчик от ЕС, регистриран по ДДС, на клиент BG, също регистриран по ДДС, в издадената фактура е начислен ДДС. Това правилно ли е или фактурата трябва да е без ДДС, а получателя да си начисли с протокол?

Зависи от услугата и мястото и на изпълнение......

Услугата е калибриране и е извършена в Германия

Да, според мен е правилно.
А какво е калибрирано, машина ли?

да
благодаря