При продажба на стара сграда избирам да не начислявам ДДС, правя протокол и за корекция на ползван дан.кредит, но въпроса ми е трябва ли да оформя нова фактура за дължимите от купувача МДТ и да ими начисля съответно ДДС.

Мисля, че щом доставката е освободена не трябва да коригираш данъчната основа с данъците и таксите, т.е. няма никакво ДДС.