Фирма има ДМА магазин купен преди повече от 5 години Предстои продажбата му Нали може да мине като освободена от ДДС сделка ?

Ако действително е над пет години - да това е освободена доставка. Но вижте чл. 79 от ЗДДС за да направите корекция на ползваният данъчен кредит, разбира се, ако при придобиването са Ви издали данъчна фактура.

При покупката на обекта фирмата не е била регистрирана по ДДС.

А включили ли сте ДДС-то на магазина /ако е имало такова/ в описа на наличните активи /ако е подаден такъв/ преди регистрацията по ДДС?

Щом е над 5 - може без ДДС.
Щом не сте ползвали ДК - няма да правите копекции.
Пиши фактурата и кажи на криентите че ДДС няма да плащат.