фирмата е новорег. и няма парични средства. Ползват се парични средства на един от съдружниците, с когото има сключен договор за заем. При плащания в брой или при попълване на авоар по сметка мога ли директно да използвам 499 или първо 501 и тогава да я приключвам на 499, за да не е на червено?

Защо 499? Нали имате договор за заем. Осчетоводи си заема 501/159 (или която ти е всметкоплана) и си карай напред.